11月12日，第34期王應睞講座邀請了美國國家科學院院士、美國藝術(shù)與科學學院院士、美國發(fā)明家學院院士William (Bill) DeGrado教授主講，作題為“De Novo Protein Design of Functional Proteins”的報告。本期王應睞講座由張少慶研究員主持。
William (Bill) DeGrado專注于小分子、多肽和蛋白質(zhì)的設(shè)計，致力于解決生物學機制問題。報告中，DeGrado重點介紹了小分子結(jié)合蛋白的設(shè)計流程。首先通過參數(shù)化設(shè)計或生成式AI得到初步的蛋白結(jié)構(gòu)；相應的結(jié)構(gòu)通過Rosetta，LigandMPNN等工具優(yōu)化序列；得到的序列將再次使用Alphafold，ESMfold，Raptor-X-Single等AI工具預測結(jié)構(gòu)。對于蛋白質(zhì)-小分子復合物的情形，研究者將使用Glide，Autodock，CHAI-1等工具進行分子對接，并最后通過Amber，OpenMM等工具進行分子動力學模擬，篩選具有實驗驗證價值的候選蛋白，這些蛋白還可以進一步定向優(yōu)化，以捕獲計算無法察覺的特征。除小分子結(jié)合蛋白以外，DeGrado還提及了能夠優(yōu)化納米孔測序效果的新蛋白，展現(xiàn)了蛋白質(zhì)設(shè)計領(lǐng)域的多樣性。講座受到中心師生的關(guān)注，大家與DeGrado積極互動，踴躍參與討論，現(xiàn)場氣氛熱烈。講座結(jié)束后中心所務委員陳劍峰研究員為William (Bill) DeGrado教授頒發(fā)了王應睞講座榮譽證書。
William (Bill) DeGrado是加利福尼亞大學舊金山分校藥物化學系Toby Herfindal Presidential創(chuàng)業(yè)與創(chuàng)新教授和Pliant Therapeutics公司科學聯(lián)合創(chuàng)始人。作為蛋白質(zhì)設(shè)計的先驅(qū)，他創(chuàng)造了"蛋白質(zhì)從頭設(shè)計"這一術(shù)語。
